この現象は、既知の制限事項となります。
まず、ポリシーエージェントを右クリックし、「再診断」をクリックすると、下図のようなポップアップが右下に表示されます。

図1：再診断中の画面

再診断が完了すると、ポップアップ画面が下図のように変化します。

図2：診断終了画面

しかし、図1の画面が表示されている時点で「OK」をクリックした場合、図2が表示されずにポップアップが消えます。
その後でまた再診断を実行すると、図1と図2が繰り返し表示されます。
(図2の時点で「OK」をクリックした場合には、次の再診断時に図2→図1→図2の順で表示されます。)
これは表示上だけの問題であり、実際に表示されている回数分の再診断が実行されてはいません。

この表示が出た場合、「OK」をクリックせずにポップアップが自動的に隠れるまで待つか、「OK」以外の部分を右クリックして表示を即座に終了させてください。