ServerProtectはWindows Security Centerに通知を行うことはできません。そのため一般サーバのインストール時および完了後にWindows Defenderを自動停止させる機能はありません。
とくに、ServerProtect for NetApp や ServerProtect for Storage、ServerProtect for EMC Celerra では、タイミングによってはストレージからのスキャンリクエストを正しくServerProtectが処理できない可能性があります。
Microsoft社の公開情報を参考に、Windows Defenderを手動で停止させてください。
Microsoft Defender ウイルス対策の互換性
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/security/threat-protection/microsoft-defender-antivirus/microsoft-defender-antivirus-compatibility
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