Cloud One - File Storage Securityにおいてスキャンを有効/無効とする設定はありません。
しかしAWS環境では以下のアーキテクチャのとおりS3バケットのイベント通知をもとに動作するため、通知イベントを一時的に削除いただくことで実質無効化できます。 　

・AWSのアーキテクチャとフロー 　
　https://cloudone.trendmicro.com/docs/jp/file-storage-security/arch-overview-aws/

[手順]
AWSマネジメントコンソールよりS3バケットのイベント通知を削除します。
[S3バケット]->[プロパティ]->[イベント通知]

　注意：
　イベント削除の前に、復元のためイベント転送先Lambda関数ARNを記録してください。
　再度有効化する際には記録したイベント転送先Lambda関数ARNを使用して通知イベントを作成しなおします。