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Web管理コンソールで設定した除外設定は、リアルタイム検索、手動検索、予約検索の除外設定についてはエージェントコンソールに反映されますが、挙動監視機能、信頼済みプログラムリストについては反映されません。

(確認箇所)
エージェントコンソールのロック解除>設定>保護タブ