FSSがファイルを暗号化することはございません。
ファイルの暗号化は、各クラウドストレージの仕様によって実行されます。
各クラウドストレージでどのような暗号化が実行されるかにつきましては、各クラウドベンダー様へお問い合わせください。

<参考情報>
・AWS
　Cloud One File Storage Security Post Scan Action - Promote or Quarantine

・Azure
　Cloud One File Storage Security Post Scan Action for Azure Storage Account - Promote or Quarantine

・GCP
　Cloud One File Storage Security Post Scan Action for GCP - Promote or Quarantine