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Apex Central のポリシーとApex One サーバの Webコンソールからの設定には優先順位はなく、後から実施した設定が有効になります。

例えば、Apex Central で HotFix 配信禁止のポリシーを配信した後に Apex One のWebコンソールで HotFix 配信禁止を無効化した場合、エージェント側では HotFix 配信禁止は無効になります。

ただし、Apex Central のポリシーは下記 Q&A に記載の通り1日1回再配信されます。

[Apex Central]ポリシー配信のタイミングについての解説

そのため、前述の例の場合 Apex One のWebコンソールから HotFix配信禁止を無効化した場合、一時的にHotFix配信禁止は無効になりますが、上記の Q&A のタイミングで Apex Central からポリシーが再配信され再度HotFix配信禁止が有効になります。
 
これは、本来の運用としては Apex Central で管理している場合には基本的には Apex Central 上でほとんどの操作を運用することを想定しているためとなります。
そのため、運用上の混乱を避けるためにも設定変更はApex Central から実施いただくことを推奨します。