インストールガイドにも記載されている通り、Apex Centralのエージェント移行ツールでは「ツリー構造を保持する」のオプションが使用できず、エージェント移行後に管理者がエージェントツリーを手動で構成する必要がありました。

※Apex Centralのインストールガイドより抜粋

エージェント移行ツールは、管理下の製品および管理下の製品ログの移行 のみをサポートします。エージェント移行ツールでは、以前のサーバから のレポート、または製品ディレクトリの移行はサポートしません。

この問題は2021年5月に作成されたHotfix 5708により、こちらのオプションが使用できる様に修正されております。
Hotfixの入手方法につきましては、弊社サポートセンターまでお問合せください